ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช โครงสร้างอะโรมาติกฟลูออรีนช่วยเพิ่ม bioavailability และความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในสารออกฤทธิ์ที่ใช้งาน ใช้บ่อยในการผลิตยาฆ่าหญ้าแบบ selective auxin-type เนื่องจากสามารถเลียนแบบฮอร์โมนพืช นอกจากนี้ยังใช้ในเคมีเภสัชกรรมสำหรับการสร้างบล็อกก่อสร้างฟลูออรีนในการออกแบบยา ซึ่งอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการจับและความต้านทานต่อการเกิดออกซิเดชัน