2-Fluoro-6-iodobenzoyl chloride ใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร กลุ่ม acyl chloride ที่ทำปฏิกิริยาได้ช่วยในการสร้าง amide และ ester ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ในเคมียารักษาโรค ถูกนำมาใช้ในการพัฒนาผู้สมัครยา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบอะโรมาติกที่ fluorinated และ iodinated นอกจากนี้ โครงสร้าง halogenated ที่ไม่เหมือนใครยังถูกนำไปใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุเพื่อสร้างโพลิเมอร์และสารเคลือบพิเศษที่มีคุณสมบัติที่เพิ่มขึ้น