2-Chloro-6-iodobenzonitrile ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อน โดยเฉพาะในเภสัชกรรมและเคมีเกษตร เป็นส่วนประกอบหลักในการพัฒนาสารออกฤทธิ์สำหรับยา รวมถึงการรักษาโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง โครงสร้างฮาโลเจนช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้ง ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับสังเคราะห์วัสดุอินทรีย์ขั้นสูงที่มีคุณสมบัติปรับแต่งได้