เมทิล 2-คลอโร-6-ฟลูออโรเบนโซเอท ใช้หลักเป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างที่มีทั้งหมู่คลอโรและฟลูออโรทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มักใช้ในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่ต้องการสารประกอบอะโรมาติกที่มีฮาโลเจน นอกจากนี้ ยังเป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง โดยที่อะตอมฮาโลเจนช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ความสามารถในการทำปฏิกิริยาของสารนี้ช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติม สร้างสารเคมีหลากหลายที่ปรับให้เหมาะกับการใช้งานเฉพาะ