2-Chloro-4,6-difluorobenzoic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรกรรม ในเภสัชกรรม มันอาจถูกนำไปใช้ในการผลิตยาต้านจุลชีพหรือยาต้านการอักเสบ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งคลอรีนและฟลูออรีนซึ่งสามารถเพิ่มประสิทธิภาพของยาได้ ในด้านเกษตรกรรม สารนี้สามารถนำไปใช้ในการพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชหรือสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการทำงานของสารประกอบที่มีโครงสร้างคล้ายคลึงกัน