กรด 3-ฟลูออโร-5-เมทอกซีเบนโซอิก ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งมีทั้งกลุ่มฟลูออรีนและเมทอกซี ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้นและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม โดยเฉพาะอย่างยิ่งถูกนำมาใช้ในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท การอักเสบ และมะเร็งบางประเภท นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีการประยุกต์ใช้ทางบำบัดที่เป็นไปได้ บทบาทของมันในเคมียารักษาเน้นย้ำถึงความสำคัญในกระบวนการค้นพบและพัฒนายา