กรด 4-คลอโร-2-ฟลูออโร-6-เมทอกซีเบนโซอิก ใช้หลักly เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โครงสร้างของมันช่วยให้เป็นส่วนประกอบหลักในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) โดยเฉพาะในยาที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ โครงสร้างการแทนที่ที่ไม่เหมือนใครทำให้มีคุณค่าต่อการปรับเปลี่ยนโมเลกุลยาเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ ความเลือกสรร หรือคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ มักใช้ในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารเคมีเกษตร ซึ่งคุณสมบัติทางเคมีช่วยในการพัฒนาตัวแทนป้องกันพืชที่มีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนาสำหรับการออกแบบและทดสอบสารเคมีใหม่ที่มีการใช้งานบำบัดที่เป็นไปได้