ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการผลิตสารประกอบอินทรีย์ฟลูออรีน หมู่คลอรีนและไนโตรที่ทำปฏิกิริยาได้ช่วยให้เกิดการแทนที่แบบเลือก性 ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ใช้กันทั่วไปในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าเชื้อรา เนื่องจากอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสีย้อมและโพลิเมอร์พิเศษที่ต้องการความคงตัวทางความร้อนและเคมี นิยมใช้ในขั้นตอนการวิจัยและพัฒนาสารใหม่ในห้องปฏิบัติการ โดยเฉพาะในด้านเคมีเภสัชกรรมและการออกแบบโมเลกุลที่ต้องการคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความคงตัวในร่างกายหรือความสามารถในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ