ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาที่มีฟลูออรีน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายับยั้ง kinase ที่เลือกสรรและยาต้านการอักเสบ โครงสร้างของมันช่วยในการสร้างระบบเฮเตอร์โรไซคลิกที่ซับซ้อนซึ่งพบในโมเลกุลชีวภาพที่ออกฤทธิ์ ใช้กันอย่างแพร่หลายในเคมีทางการแพทย์สำหรับการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม (SAR) เนื่องจากมีจุดปฏิกิริยาหลายจุด นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการวิจัยด้านเกษตรเคมีเพื่อออกแบบสารกำจัดวัชพืชใหม่และสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช อะตอมฟลูออรีนในสารประกอบช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ในส่วนประกอบที่ออกฤทธิ์สุดท้าย