4-Chloro-2,6-Difluorophenol ใช้หลักly เป็นสารกลาง (intermediate) ในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร มีบทบาทสำคัญในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา ซึ่งช่วยในการป้องกันพืชผลที่มีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังนำมาใช้ในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) บางชนิด โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติต้านแบคทีเรียหรือต้านเชื้อรา โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน