KAAD-Cyclopamine ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยเพื่อศึกษากลไกการส่งสัญญาณทาง Hedgehog (Hedgehog signaling pathway) ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการแยกตัวของเซลล์ (cell differentiation) การจัดรูปแบบเนื้อเยื่อ (tissue patterning) และการพัฒนาอวัยวะ (organ development) การยับยั้งเส้นทางนี้ช่วยให้นักวิจัยเข้าใจบทบาทของมันในกระบวนการชีวภาพต่างๆ และโรค โดยเฉพาะมะเร็ง

มักใช้ในงานทดลองในห้องปฏิบัติการเพื่อตรวจสอบผลกระทบของการยับยั้ง Hedgehog pathway ต่อการเจริญเติบโตและพัฒนาการของเนื้องอก เนื่องจากการทำงานผิดปกติของเส้นทางนี้เชื่อมโยงกับมะเร็งหลายชนิด เช่น basal cell carcinoma และ medulloblastoma

นอกจากนี้ ยังใช้ในชีววิทยาการพัฒนา (developmental biology) เพื่อสำรวจผลกระทบของการส่งสัญญาณทาง Hedgehog ต่อการพัฒนาในตัวอ่อน (embryonic development) และการฟื้นฟูเนื้อเยื่อ (tissue regeneration)

การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการค้นคว้ายา (drug discovery) โดยทำหน้าที่เป็นเครื่องมือในการคัดกรองและพัฒนายาใหม่ที่เป็นเป้าหมายต่อ Hedgehog pathway