2,6-Dichloro-3-fluoro-isonicotinic acid ใช้เป็นหลัก เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ โดยมีบทบาทสำคัญในการผลิตยาฆ่าหญ้า โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปที่วัชพืชใบกว้างในพืชผล นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารออกฤทธิ์สำหรับยาฆ่าเชื้อรา ซึ่งช่วยในการป้องกันพืชผลและเพิ่มผลผลิต ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น สารต้านการอักเสบและสารต้านจุลินทรีย์ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของผลิตภัณฑ์สุดท้าย