เบทอกซาซินใช้เป็นสารป้องกันและกำจัดศัตรูพืชในทางการเกษตร โดยเฉพาะในการควบคุมแมลงศัตรูพืช เช่น หนอนผีเสื้อและด้วง ซึ่งเป็นศัตรูสำคัญของพืชผลหลายชนิด สารนี้ช่วยลดความเสียหายที่เกิดจากการทำลายของแมลง และส่งเสริมผลผลิตทางการเกษตรให้มีคุณภาพดีขึ้น นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในระบบการปลูกพืชแบบอินทรีย์เพื่อลดการใช้สารเคมีอันตรายอื่นๆ ที่อาจส่งผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมและสุขภาพของมนุษย์