เบทอกซาซินใช้หลักในทางเกษตรกรรมเป็นสารกำจัดวัชพืชก่อนการงอก เพื่อควบคุมวัชพืชชนิดต่าง ๆ ในพืชผล เช่น ข้าวโพด ถั่วเหลือง และธัญพืช มันทำงานโดยยับยั้งการงอกของเมล็ดวัชพืชและการเจริญเติบโตในระยะแรก ให้การป้องกันที่มีประสิทธิภาพในระยะเริ่มต้นที่สำคัญของการพัฒนาพืชผล การใช้ช่วยลดการแข่งขันเพื่อสารอาหาร น้ำ และแสงแดด จากนั้นจึงเพิ่มผลผลิตและคุณภาพของพืชผล มักใช้กับดินก่อนปลูกหรือระหว่างการตั้งตัวของพืชผล เพื่อให้การควบคุมวัชพืชที่ยาวนาน นอกจากนี้ยังมีคุณค่าด้วยผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมต่ำและเข้ากันได้กับแนวปฏิบัติการจัดการศัตรูพืชแบบบูรณาการ