1-Chloro-6,7-dimethoxyphthalazine ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพหลายชนิด โดยเฉพาะในด้านเภสัชวิทยาและเคมีการแพทย์ มักถูกนำมาใช้ในการพัฒนายาใหม่ๆ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่เอื้อต่อการปรับเปลี่ยนและสร้างอนุพันธ์ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็ง และสารที่ส่งผลต่อระบบประสาท อีกทั้งยังมีบทบาทในการวิจัยทางเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาสารประกอบที่มีความเฉพาะเจาะจงและประสิทธิภาพสูง