3-Bromo-1,6-naphthyridine ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางที่หลากหลายสำหรับการสร้างโครงสร้างเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น อะตอมโบรมีนของมันทำหน้าที่เป็นจุดปฏิกิริยาที่ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig ซึ่งจำเป็นในงานวิจัยเภสัชกรรมและวัสดุ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งมักถูกสำรวจสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพที่อาจมี เช่น ต้านจุลินทรีย์ ต้านมะเร็ง หรือต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการสังเคราะห์วัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ โดยแกน naphthyridine ของมันช่วยในการพัฒนาโมเลกุลที่ปล่อยแสงหรือขนส่งประจุ และในงานวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะสารที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็ง ต้านเชื้อแบคทีเรีย ยับยั้งเอนไซม์ ระบบประสาท และโรคติดเชื้อ