5-Chloro[1,6]naphthyridine นิยมใช้ในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการศึกษาสารประกอบที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียหรือไวรัส นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ เช่น โรคติดเชื้อหรือโรคมะเร็ง นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการใช้งานในด้านวัสดุศาสตร์ เพื่อพัฒนาวัสดุที่มีคุณสมบัติเฉพาะทาง เช่น การนำไฟฟ้าหรือการเรืองแสง