Morpholine-2-carbonitrile hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางที่หลากหลายสำหรับการเตรียมสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยาต่างๆ โดยเฉพาะมีคุณค่าต่อการพัฒนาสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งจำเป็นในเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบยาที่มีผลทางรักษาที่มีศักยภาพ โครงสร้างของสารประกอบช่วยให้ทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์โมเลกุลที่อาจแสดงคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ ต้านไวรัส หรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนาสารเคมีใหม่ๆ โดย reactivity และกลุ่มฟังก์ชันช่วยให้ปรับเปลี่ยนเพื่อสร้างอนุพันธ์หลากหลายสำหรับการประเมินทางชีวภาพ บทบาทในการอำนวยความสะดวกในการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนทำให้เป็นส่วนประกอบหลักในกระบวนการค้นพบและพัฒนายา