ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารยับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง สารนี้ทำหน้าที่เป็นชิ้นส่วนพื้นฐานในเคมีเภสัชภัณฑ์ เนื่องจากมีหมู่ฟังก์ชันที่ทำปฏิกิริยาได้ ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาคัปปลิ้งเพื่อสร้างระบบเฮเตอโรไซคลิกที่ซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการวิจัยทางเคมีเกษตรเพื่อออกแบบยาฆ่าแมลงใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความจำเพาะที่ดีขึ้น โครงสร้างแกนคลอโรไพราซีนช่วยให้เป็นระบบอะโรมาติกที่ขาดอิเล็กตรอน ซึ่งมีประโยชน์ในการทำปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้งสำหรับการค้นพบยา