ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกลุ่มยับยั้งเอนไซม์หรือสารต้านจุลชีพ โครงสร้างเบนซิมิดาโซลช่วยเสริมฤทธิ์ในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ เช่น โปรตีนหรือดีเอ็นเอในจุลินทรีย์ ทำให้มีศักยภาพในการพัฒนายาต้านไวรัส ยาต้านเชื้อรา หรือยาน้ำมันบางชนิด นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวกลางในการสร้างสารฟลูออเรสเซนต์หรือวัสดุออพติคัลเนื่องจากคุณสมบัติการเรืองแสงเมื่ออยู่ในสภาพแวดล้อมเฉพาะ