ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีทางการแพทย์ โดยเฉพาะในขั้นตอนการป้องกันหมู่ไฮดรอกซิลระหว่างปฏิกิริยา ทำให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่งได้ นิยมใช้ในสังเคราะห์สารที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น ยาต้านมะเร็ง หรือสารชีวภาพที่ไวต่อสภาวะปฏิกิริยา เนื่องจากหมู่ tert-butyl(dimethyl)silyl มีความเสถียรและสามารถกำจัดออกได้ง่ายภายหลังเมื่อไม่ต้องการแล้ว