ใช้ในงานวิจัยด้านเคมีทางการแพทย์เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มยับยั้งเอนไซม์หรือสารออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง นิยมนำไปใช้พัฒนายาในห้องปฏิบัติการ เนื่องจากโครงสร้างของอินดาโซลมีศักยภาพในการโต้ตอบกับโปรตีนเป้าหมายในร่างกาย นอกจากนี้ยังใช้เป็นมาตรฐานอ้างอิงหรือตัวควบคุมในงานวิเคราะห์สารทางเคมีในระบบชีวภาพ