ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยา เช่น การพัฒนายาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง หรือยาต้านการอักเสบ พบว่าสารอนุพันธ์ของอินดาโซลมีศักยภาพในการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์บางชนิด เช่น ฟอสโฟไรเลตของโปรตีนคินาส ซึ่งเกี่ยวข้องกับกระบวนการส่งสัญญาณในเซลล์ ทำให้มีการนำไปใช้ในงานค้นคว้าวิจัยด้านโรคมะเร็งและโรคเรื้อรังอื่น ๆ รวมถึงใช้เป็นมาตรฐานทางเคมีหรือตัวติดฉลากในงานวิเคราะห์