ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาที่มีฤทธิ์ต้านจุลชีพ ต้านเชื้อรา และต้านไวรัส โดยโครงสร้างเบนซิมิดาโซลช่วยเสริมฤทธิ์ในการยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ นิยมนำไปปรับแต่งโครงสร้างเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดพิษต่อเซลล์มนุษย์ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาในการใช้เป็นสารยับยั้งเอนไซม์บางชนิดที่เกี่ยวข้องกับโรคเรื้อรัง เช่น มะเร็ง และโรคอักเสบเรื้อรัง จึงมีศักยภาพในการพัฒนาเป็นสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพในอนาคต