ใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชกรรมเป็นหลัก โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านจุลชีพ หรือสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาลิแกนด์สำหรับโปรตีนหรือเอนไซม์เป้าหมาย เนื่องจากโครงสร้างของเบนโซอิไมดาโซลสามารถจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้ดี จึงมีศักยภาพในการนำไปใช้ต่อยอดในการออกแบบยาใหม่ๆ