ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยในการจับกับบริเวณจุดออกฤทธิ์ของเอนไซม์ ทำให้มีคุณค่าในการค้นพบยา นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อออกแบบโมเลกุลชีวภาพใหม่ที่มีศักยภาพต้านการอักเสบและต้านไวรัส แกนอินดาโซลที่ fluorinated ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและปรับปรุงโปรไฟล์เภสัชจลนศาสตร์ในยาที่เป็นผู้สมัคร