ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฐานเบนซิมิโดซอล ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับสารประกอบที่มีฤทธิ์ต้านปรสิต ต้านไวรัส และต้านมะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายในการออกแบบยา ทำให้มีคุณค่าในการวิจัยเคมียารักษาโรค ใช้กันทั่วไปในการเตรียมยับยั้งโปรตอนปั๊มและยาขับพยาธิ เนื่องจากแกนเบนซิมิโดซอลมีความสัมพันธ์กับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างลิแกนด์สำหรับปฏิกิริยาที่เร่งด้วยโลหะในการสังเคราะห์อินทรีย์