ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถดัดแปลงได้อย่างเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าในเคมีทางการแพทย์สำหรับการสร้างยาที่มีฐานพีรีมีดีน นิยมใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์นิวคลีโอไซด์ โดยที่หมู่ไอโอดีนอำนวยความสะดวกในการทำปฏิกิริยาการจับคู่ เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Heck ซึ่งช่วยให้สามารถนำกลุ่มอะโรมาติกหรือเฮเทโรอะโรมาติกเข้าไปได้ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยสำหรับการติดฉลากและการศึกษาตัวติดตาม เนื่องจากมีไอโอดีนซึ่งสามารถตรวจพบหรือติดรังสีได้ง่าย