ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านปรสิตและยาต้านจุลชีพ โครงสร้างนิโตรอิมีดาโซลทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่ออกฤทธิ์ต่อแบคทีเรียแอนแอโรบิกและโปรโตซัวบางชนิด นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อออกแบบโมเลกุลชีวภาพใหม่ เนื่องจากหมู่ไนโตรที่ดึงอิเล็กตรอนและโซ่ข้างที่ชอบไขมัน ซึ่งช่วยเพิ่มการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์