ใช้ในอุตสาหกรรมยาเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่เกี่ยวข้องกับฮิสตามีนและยา โดยเฉพาะยาที่กำหนดเป้าหมายการตอบสนองต่อภูมิแพ้และการหลั่งกรดในกระเพาะอาหาร ทำหน้าที่เป็นสารตัวกลางสำคัญในการเตรียมอนุพันธ์ฮิสทิดีนและโมเลกุลชีวภาพที่มีฐานอิมิดาโซล ใช้บ่อยในงานวิจัยเพื่อศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และการจับกับตัวรับ เนื่องจากมีความคล้ายคลึงทางโครงสร้างกับฮิสตามีน นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตวิตามิน โดยเฉพาะในการสังเคราะห์วิตามินบี1 (Thiamine) ซึ่งมีบทบาทสำคัญต่อการทำงานของระบบประสาทและระบบย่อยอาหาร รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความละลายและความเสถียร ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในระบบปฏิกิริยาน้ำและการเตรียมส่วนผสมยาที่มีฤทธิ์.