ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มยับยั้งเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบและโรคมะเร็ง โครงสร้างเบนโซอิมิทาโซลช่วยเสริมความสามารถในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ ทำให้มีศักยภาพในการพัฒนาเป็นยารักษาโรค นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อสร้างสารอนุพันธ์ใหม่ที่มีเสถียรภาพและดูดซึมได้ดีในร่างกาย