ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่มุ่งเป้าไปที่กิจกรรมกำจัดแมลงและเชื้อรา โครงสร้างแกนไอโซซอกซาโซลช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับกับสารประกอบที่ใช้งานได้ ใช้กันทั่วไปในเคมียารักษาโรคสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เนื่องจากความง่ายในการปรับแต่งที่ตำแหน่งเอสเตอร์และตำแหน่งอะโรมาติก นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งคินาสและตัวปรับโมดูลاتورเอนไซม์อื่นๆ ในสภาพแวดล้อมการวิจัย