ใช้หลักในการสังเคราะห์สารกลางทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาแก้ปวดที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในการผลิตอนุพันธ์นาโปรเซนและโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ เนื่องจากความสามารถในการเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม แกนไพเพอราซีนช่วยปรับปรุงความละลายและคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ในยาที่เป็นผู้สมัคร นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อออกแบบสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการแก้ปวด ต้านการอักเสบ และลดไข้