ใช้เป็นสารกลางในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนาสารประกอบทางเภสัชภัณฑ์ มีบทบาทในการเตรียมโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากมีวงแหวนมอร์โฟลีน ซึ่งพบได้บ่อยในยาที่ขัดต่อความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านจุลินทรีย์ รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความละลายและความเสถียร ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในสภาวะปฏิกิริยาในน้ำ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งคินาสและตัวปรับเปลี่ยนเอนไซม์อื่นๆ ในการวิจัยทางเคมีเภสัชวิทยา