ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม ซึ่งสารอนุพันธ์ของเบนโซอิมิโดซอลมีศักยภาพในการพัฒนาเป็นยาที่มีฤทธิ์ต้านจุลชีพ ต้านอักเสบ และต้านมะเร็ง โครงสร้างของสารนี้สามารถทำหน้าที่เป็นโครงสร้างหลัก (scaffold) สำหรับการออกแบบยาใหม่ เนื่องจากมีความสามารถในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพหลายชนิด เช่น เอนไซม์หรือตัวรับในเซลล์ นอกจากนี้ยังถูกใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารที่มีความซับซ้อนในห้องปฏิบัติการ เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างกับกิจกรรมทางชีวภาพ (SAR)