ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมี โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายา เป็นตัวทำหน้าที่เป็นตัวกลาง (intermediate) ที่สำคัญในการสร้างโครงสร้างของสารที่มีหมู่ฟังก์ชันหลายชนิด โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับสารที่มีโครงสร้างโมเลกุลซับซ้อน เช่น ยาต้านมะเร็ง หรือสารยับยั้งเอนไซม์ นิยมใช้ในขั้นตอนที่ต้องการควบคุมการเกิดปฏิกิริยาของหมู่อะมิโน เนื่องจากหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ช่วยป้องกันไม่ให้เกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการ และสามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้ง่ายภายหลังในสภาวะกรดอ่อนๆ ทำให้มีความยืดหยุ่นสูงในการออกแบบเส้นทางการสังเคราะห์