ใช้ในสังเคราะห์สารต้านจุลชีพ โดยเฉพาะสารตระกูลไนโทรอิมิดาโซล เช่น เมโทรนิดาโซล ซึ่งมีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียแอนแอโรบิกและปรสิตบางชนิด สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสร้างโครงสร้างของยาที่ออกฤทธิ์โดยการแทรกเข้าไปในดีเอ็นเอของจุลินทรีย์ ทำให้เกิดความผิดปกติในการจำลองตัวเองและนำไปสู่การตายของเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีเป้าหมายเฉพาะต่อโปรตีนหรือเอนไซม์ในจุลชีพ