ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะตัวยาต้านปรสิต ต้านเชื้อรา และต้านการอักเสบ โครงสร้างเบนโซอิมิทาโซลช่วยสนับสนุนกิจกรรมในสารประกอบที่ยับยั้งเอนไซม์ในพยาธิและจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ เช่น ตัวรับ นอกจากนี้ยังใช้ในสารเคมีเกษตรเพื่อการป้องกันพืชเนื่องจากความเสถียรและปฏิกิริยา มีศักยภาพในเคมีเชิงประสานเป็นลิแกนด์สำหรับไอออนโลหะในงานเร่งปฏิกิริยา นอกจากนี้ใช้เป็นรีเอเจนต์ในปฏิกิริยาเคมีอินทรีย์เพื่อสังเคราะห์สารอนุพันธ์ที่ซับซ้อนมากขึ้น