ฟีแนนทริดีน ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลายชนิด โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยา ซึ่งพบว่าสารอนุพันธ์ของฟีแนนทริดีนมีศักยภาพในการใช้เป็นยาต้านจุลชีพ ยาต้านไวรัส และยาต้านมะเร็ง เนื่องจากสามารถแทรกตัวเข้าไปในโครงสร้างดีเอ็นเอได้ ทำให้ขัดขวางกระบวนการจำลองตัวของดีเอ็นเอหรือการถอดรหัส จึงมีการนำไปใช้ในงานวิจัยด้านโมเลกุลชีววิทยา เช่น การศึกษาการทำงานของเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับดีเอ็นเอ หรือการตรวจสอบโครงสร้างของกรดนิวคลีอิก นอกจากนี้ยังใช้เป็นเรืองแสงในบางระบบตรวจวัดทางชีวภาพ เนื่องจากมีคุณสมบัติในการเรืองแสงเมื่อจับกับดีเอ็นเอ