1,6-Dibromoisoquinoline ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพทางชีวภาพ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งฟังก์ชันเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยารักษาโรคต่างๆ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการเตรียมเซมิคอนดักเตอร์อินทรีย์และวัสดุขั้นสูงอื่นๆ โดยอะตอมโบรมีนช่วยอำนวยการทำปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้งเพื่อสร้างระบบคอนจูเกตที่ขยายออก บทบาทของมันในด้านการเร่งปฏิกิริยาและการออกแบบลิแกนด์ยังเน้นย้ำถึงความสำคัญในงานวิจัยทางเคมีและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม