ซานทีนถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางเดินหายใจและโรคหัวใจและหลอดเลือด มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตธีโอฟิลลีนและคาเฟอีน ซึ่งถูกใช้อย่างแพร่หลายในการรักษาโรคหอบหืดและโรคทางเดินหายใจอื่นๆ โดยการผ่อนคลายกล้ามเนื้อหลอดลม นอกจากนี้ สารอนุพันธ์ของซานทีนยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการยับยั้งเอนไซม์ โดยเฉพาะในบริบทของซานทีนออกซิเดส ซึ่งมีบทบาทในโรคเช่นเกาต์ บทบาทของมันในเส้นทางชีวเคมียังทำให้มีคุณค่าในการศึกษากระบวนการเมแทบอลิซึมและการพัฒนายารักษา