4-Cyanopyrimidine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งคินาสและยาต้านไวรัส โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนหน้าที่ (functionalization) ได้ง่าย ทำให้มีคุณค่าสำคัญในเคมีเภสัชสำหรับการสร้างระบบเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตรและวัสดุฟังก์ชันนัล เนื่องจากแกนอะโรมาติกที่ขาดอิเล็กตรอน ซึ่งสนับสนุนการขนส่งประจุในอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์