คาร์โบล ฟุคซิน ใช้หลักในการย้อมสีในทางจุลชีววิทยา เพื่อช่วยในการตรวจหาเชื้อแบคทีเรีย โดยเฉพาะเชื้อ Mycobacterium tuberculosis ซึ่งเป็นสาเหตุของวัณโรค โดยวิธีการย้อมสีแบบ Ziehl-Neelsen จะใช้คาร์โบล ฟุคซินเป็นสีหลักในการย้อม เพื่อให้เชื้อแบคทีเรียติดสีแดงและมองเห็นได้ชัดเจนภายใต้กล้องจุลทรรศน์ นอกจากนี้ยังใช้ในการย้อมสีตัวอย่างทางพยาธิวิทยาเพื่อช่วยในการวินิจฉัยโรคต่างๆ ด้วย