อะโซคาร์มีน จี ใช้ในการย้อมสีทางจุลทรรศน์ โดยเฉพาะในทางพยาธิวิทยาและชีววิทยาเซลล์ เพื่อช่วยในการแยกแยะและระบุโครงสร้างต่าง ๆ ของเนื้อเยื่อและเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ มักใช้ในการย้อมสีนิวเคลียสของเซลล์ ทำให้สามารถมองเห็นรายละเอียดของโครโมโซมและดีเอ็นเอได้ชัดเจนขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาการเปลี่ยนแปลงของเซลล์ในกระบวนการต่าง ๆ เช่น การแบ่งเซลล์และการตายของเซลล์ ซึ่งเป็นประโยชน์ในการวิจัยทางการแพทย์และการวินิจฉัยโรค