ไนล์บลู เอ ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านชีววิทยาและวิทยาศาสตร์เพื่อการย้อมสีและตรวจจับสารต่าง ๆ ในตัวอย่างทางชีวภาพ เนื่องจากมีความสามารถในการย้อมสีเฉพาะเจาะจง เช่น การย้อมสีไขมันและลิพิดในเนื้อเยื่อ ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการศึกษาสารประกอบเหล่านี้ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ นอกจากนี้ยังใช้ในการตรวจสอบและวิเคราะห์เซลล์มะเร็ง โดยสามารถช่วยในการระบุและแยกแยะเซลล์มะเร็งออกจากเซลล์ปกติได้อย่างมีประสิทธิภาพ ไนล์บลู เอ ยังถูกใช้ในกระบวนการทางเคมีวิเคราะห์เพื่อตรวจหาปริมาณของสารบางชนิดในตัวอย่าง อีกทั้งยังมีบทบาทในการศึกษาด้านนิเวศวิทยา เช่น การติดตามและวิเคราะห์สารปนเปื้อนในสิ่งแวดล้อม