ฟีนโนซาฟรานีนใช้เป็นสีย้อมทางชีวภาพในกล้องจุลทรรศน์เพื่อแยกแยะเนื้อเยื่อและเซลล์ โดยเฉพาะในฮิสโทโลยีและไซโทโลยี ช่วยในการแสดงภาพโครงสร้างเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ ในอุตสาหกรรมสิ่งทอ ใช้เป็นสีย้อมสำหรับย้อมผ้า โดยเฉพาะฝ้ายและผ้าไหม เนื่องจากมีความสัมพันธ์สูงกับวัสดุเหล่านี้ นอกจากนี้ ยังใช้ในเคมีวิเคราะห์เป็นตัวบ่งชี้ redox ในการไทเทรต เพื่อช่วยกำหนดจุดสิ้นสุดของปฏิกิริยา ฟีนโนซาฟรานีนยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยบำบัดด้วยแสง (photodynamic therapy) ซึ่งศึกษาความสามารถในการสร้างอนุมูลอิสระออกซิเจนภายใต้การฉายแสง เพื่อกำหนดเป้าหมายที่เซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในงานศึกษาทางไฟฟ้าเคมี โดยใช้ในการตรวจสอบกระบวนการถ่ายโอนอิเล็กตรอนในระบบต่างๆ