แอมโมเนียมไตรฟลูออโรอะซิเตตถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารเคมีในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมเปปไทด์และชีวโมเลกุลอื่นๆ มันทำหน้าที่เป็นบัฟเฟอร์ในโครมาโทกราฟีของเหลว โดยเฉพาะในสเปกโทรเมทรีของมวล เนื่องจากความผันผวนและความเข้ากันได้กับเครื่องมือวิเคราะห์ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบฟลูออรีน โดยทำหน้าที่เป็นแหล่งของไอออนไตรฟลูออโรอะซิเตต ความสามารถในการทำให้ตัวกลางปฏิกิริยาที่ทำปฏิกิริยาเสถียรทำให้มีคุณค่าต่อปฏิกิริยาเคมีต่างๆ รวมถึงปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับโมเลกุลที่ละเอียดอ่อนหรือซับซ้อน