2,2-Difluoroacetohydrazide ถูกใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกต่างๆ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาที่ก่อตัววงแหวนที่มีไนโตรเจน ซึ่งมีความสำคัญในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์โมเลกุลฟลูออรีน ซึ่งมักแสดงกิจกรรมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้นและความเสถียร นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาตัวแทนป้องกันพืชที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น การประยุกต์ใช้ในเคมียารักษาโรคยังขยายไปถึงการออกแบบยารักษาโรคใหม่ๆ โดยที่อะตอมฟลูออรีนสามารถปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์