(2-Chloro-6-fluorophenyl)hydrazine hydrochloride ใช้หลัก ๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรหลากหลาย หมู่ไฮดราซีนของมันทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโครงสร้างเฮเทโรไซคลิก ซึ่งพบได้บ่อยในโมเลกุลยาสำคัญหลายชนิด มีประโยชน์โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพต้านแบคทีเรีย ต้านเชื้อรา หรือต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการพัฒนาสีย้อมและเม็ดสี เนื่องจากความสามารถในการสร้างอนุพันธ์อะโรมาติกที่เสถียร การประยุกต์ใช้ในงานวิจัยมุ่งเน้นไปที่การสำรวจโมเลกุลชีวภาพใหม่ ๆ และการปรับปรุงเส้นทางสังเคราะห์สำหรับสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน