เบนซิลไฮดราซีน ไดไฮโดรคลอไรด์ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ ในอุตสาหกรรมยา โดยเฉพาะในการผลิตยาที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านมะเร็งและยาต้านเชื้อจุลินทรีย์ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษาปฏิกิริยาเคมีและพัฒนาสารใหม่ ๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค รวมถึงการประยุกต์ใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อวิเคราะห์และทดสอบสารต่าง ๆ ด้วย