2-(Trifluoromethyl)phenylhydrazine hydrochloride ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านการสังเคราะห์สารเคมี โดยเฉพาะในการผลิตสารเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น สารประกอบเฮเทอโรไซคลิก และสารประกอบที่มีกลุ่มฟังก์ชันไตรฟลูออโรเมทิล ซึ่งเป็นกลุ่มที่ให้คุณสมบัติเฉพาะทางเคมีและกายภาพ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาชนิดต่าง ๆ โดยเฉพาะยาที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านมะเร็ง หรือยาที่มีผลต่อระบบประสาท เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงของยาได้